大西軍的由雲南開赴抗清前線，一般史籍都記載於1650年（永曆四年，順治七年），這是就同清軍交鋒而言的。由於雲南和清方佔領區之間還有一批南明軍閥控制著四川、貴州等地，大西軍不僅必須突破他們的阻撓才能到達抗清前線；為了消除內訌，穩定後方，統一軍令也需要對南明殘留武裝實行改編。孫可望部署出兵之際，曾經派中書舍人楊惺先赴行在疏報出師，奉旨：「覽奏整旅東征，為朝廷剿除逆虜，朕心嘉悅。今恭順（原注：謂孔有德）入犯武漢，盤踞長、岳，卿率銳出楚，建瓴直下，廓掃中原，以奏光復。該部知道。」孫可望還利用胡執恭送來的偽敕中的「監國」、「節制天下文武兵馬」字樣，以永曆年號「馳金龍牌，抄敕冊文遍調土、漢官軍皆為之下」，「自稱監國秦王臣，布告雲、貴、楚、粵諸勛鎮」，要求貴州、四川、湖廣等地的南明軍隊會盟，聽從節制。

南明忠國公王祥也「遣官請盟」。大西軍將領馮雙禮向孫可望請示是否應該推遲進兵。由於皮熊、王祥之流只知盤踞地方，殃民自肥，既不積極對清方作戰，又堵住了大西軍出黔抗清的通道，因此，孫可望決定不理睬皮、王「請盟」的虛禮，下令以武力強行改編。於是，馮雙禮、王自奇統兵從間道攻平越，活捉皮熊。九月，劉文秀、白文選北上遵義、永寧。明永寧總兵侯天錫歸附；「王祥烏合六七萬，分為三十六鎮，與滇兵一戰于烏江河而大潰，祥避死真州，遂下遵義」。皮熊、王祥阻擋大西軍出黔抗清的圖謀被粉碎以後，孫可望下令把他們部下的兵將收編，「不得逃避，一體入營關糧」。這樣既擴充了兵員，又防止了散兵游勇生活無著，為害地方。到1650年（永曆四年，順治七年）十二月，孫可望已進至貴州東部的銅仁，貴州全省都處於原大西軍管轄之下。九九藏書

孫可望部署的出兵川、黔，憑藉武力收編永曆朝廷殘存的地方割據武裝，是完全正義的。不把這些禍國殃民的軍閥勢力掃掉，大西軍就不可能進入抗清前線，南明的殘疆剩土也不可能真正成為抗清基地。孫可望接管貴州和四川南部地區以後，採取了果斷措施加以整頓，在很短時間內就把黔、川治理得井井有序。他派白文選鎮守貴州，收編當地的散兵游勇。對永曆朝廷濫發的文、武官員劄付全部收繳，裁革了一大批魚肉人民的冗官，如派員「會勘平越各官，戮奸蠹民者」，可望令蔣克遠會馮雙禮安撫人民，招徠商賈。又令所屬文武呈繳濫劄，武職加授總制、參游，文官加授監軍、督餉、部卿、僉憲，概行裁革。各官作奸蠹民者戮之。令督學劉鳴鳳考試貢生，分別偽濫」，從而蕩滌了永曆朝廷留下的污泥濁水，改善了吏治。同時，致力於恢復農業生產，保護商業流通。有的史籍記載，孫可望收取遵義、石阡、平溪等地以後，「安撫遺黎，大興屯田，遠近多歸之」。在四川綦江縣也「差官丈田，……變牛種為糧數」，並委任貴州拔貢張師素為知縣，張到任時見城內「荊榛滿目」，乃「招撫遺黎，殷勤保愛」。後來又「發難民千余安插於杜石沙坪一帶，多墊江人」。為了活躍經濟，互通有無，孫可望下令「招徠商賈，令征虜將軍（馮雙禮）招通平越商賈，失貨物者量償之」。從一些史料來看，孫可望在貴州徵收的賦稅相當重，如在施秉「臨田征租，劫去取十之七」。「庚寅（1650，順治七年）九月，秦王遣張扈衛復招士民，……條銀變輸穀米共計二石有餘，又有皇草、皇柴折價至黔中上納；所徵調銀十兩，幫補義兵一名器械銀五十余兩，不敢不從。一切五穀六畜絲麻之類，無隙可逃」。這類材料除了反映當時用兵之際軍需孔亟，不得不多征派賦稅以外，也表明貴州等地的農業生產已經有所恢復。經過孫可望大刀闊斧的整頓，貴州的面貌為之一新，史載：httｐs://rｅaｄ.9９csｗ•ｃｏｍ

四川的情況也與此相仿。《宜賓縣誌》載：「庚寅歲（1650）賊首孫可望在滇假翊戴之名，懷窺竊之志，監國貴陽，凡楚、蜀、滇、黔勛爵悉歸節制。乃致書樊公（指南明川陝總督樊一蘅），語多矜肆。」樊一蘅派中軍都督僉事彭明楊、筠連縣知縣魏鳴玉充使者前往貴陽，「可望盛陳儀衛召見便殿，於時一二大臣在坐，皆東林舊人也。可望卒然問曰：『樊某為國大臣，經略秦蜀，所辦何事？』先生（指彭明揚）翹首曰：『老臣盡瘁同於武侯，乃心王室同於郗鑒。但兵勢有強弱，故成功有遲早耳。殿下若肯相容，大事尚可濟也。若必加兵，誠恐來歸之人皆解體矣。不幾負率土之望乎？』望怒乃解，賜錦幣而還」。次年，樊一蘅病卒，所部均為孫可望改編。當時正在武大定幕中的歐陽直記載孫可望招撫武大定、袁韜的情況頗詳：「孫可望差官至嘉定，稱奉旨聯絡，內有『會獵岷峨』等語。」盤踞于嘉定、青神一帶的軍閥武大定、袁韜猶豫不決。明四川巡撫李乾德說：「此矯詔也，其心未可測。令武（大定）復書，略曰：『自入蠶叢，荊棘塞道，萬里煙絕，一望凄涼，茂草荒林，惟有馬跡，狐游虎逐，罕見人蹤。間有一二遺黎，又皆五官殘廢，割耳截鼻，刖足剁手，如游異域，忽睹羅剎，形不類人，喘延余息。備詢厥故，始知令先君（指張獻忠）之造福于川，蓋功德若此其慘毒也。乃曾不旋踵，君之先君身首異處，屍飽饞鴉，可見天之所報，人之所為，已足昭鑒。公等碌碌，猶尚不悛，欲挾令以欺天，逞前奸之故智，詞多悖謬，意實險深。竊揣中藏，豈以皮（熊）、王（祥）視我也。倘修鄰好，奉教有期；如雲會獵岷峨，則水路可通舟楫，陸路可容車馬，弟惟有叉手瞠目而聽之矣。』」顯然，李乾德授意下寫的回信對原大西軍充滿了敵意，斷然拒絕孫可望提議的會盟。1651年（永曆五年、順治八年）孫可望派撫南將軍劉文秀總統兵馬，分兩路入川。劉文秀率部渡金沙江，取道建昌；將軍王自奇從畢節取道永寧，大舉進攻。武大定親率全營赴雅州（今雅安），抽調精銳士卒交部將張林秀帶往榮經堵截大西軍。袁韜和李乾德坐鎮嘉定（今樂山市），分兵一支守敘府（今宜賓市）。這年八月，劉文秀指揮的軍隊在榮經縣鹿角壩全殲武大定精銳，張林秀也被擊斃。武大定大驚失色，連夜逃回嘉定；袁韜、李乾德眼看大勢已去，三人抱頭痛哭，隨即下令放火燒毀嘉定城內房舍，次日早晨棄城逃走。由於家口牽累，走了七天才到達井研、仁壽。劉文秀進抵嘉定，派輕騎日夜兼程追擊，一天之內就趕到仁壽縣。袁韜、李乾德被活捉，押回嘉定。武大定連妻子家屬也顧不上，帶領十余騎落荒而逃。文秀命大定之子武國治、侄兒武國用招回武大定，以禮相待。免袁韜死罪，發往部下聽用；李乾德和他的弟弟李九德押往貴陽治罪，走到犍為縣時，二人投水而死。ｈttpｓ://ｒｅad.9９ｃsｗ.cｏｍ

為了保證軍事行動暢通無阻和百姓安居樂業，孫可望非常注意修築道路，「凡街衢橋道，務令修葺端整，令民家家植樹于門，冬夏常蔚蔥可觀」。同時，實行路引制度，防止清方間諜混入雲貴。原大西軍領導人把治理雲南的經驗推廣到貴州全省和四川部分地區，從而擴大了抗清基地，增強了經濟和軍事實力，為此後在抗清事業中取得輝煌戰果奠定了基礎。

早在1649年，孫可望就派白文選率領先頭部隊進入了貴州。康熙《貴州通志》記：「己丑（即1649）八月，孫可望遣白文選取安順府，遂入貴陽。」並加小字注云：「以通好為辭，旋撤去。」1650年四月，白文選部再次進入貴陽，接著李定國也來到貴陽，同南明匡國公皮熊、貴州巡撫范鑛結盟。同年八月，孫可望親自統領大軍進入貴陽。皮熊自知兵力不敵，派遣使者李之華來「通好稱盟」，意在阻止大西軍入黔。孫可望回通道：九九藏書

可見，大西軍的再度入川給當地殘存百姓帶來了生機，有可能重整家園，逐步恢復社會生產，過上安定的生活。

平定四川南部地方以後，劉文秀領兵順流而下，派使者帶著孫可望「秦王、監國」名義的文書聯絡川東各支抗清武裝，「假首會盟」。夔東「偽爵賀珍、王光興、張堯翠等一十四家各擁重兵，陰附孫逆」。盤踞涪州（今涪陵）、忠州地區的明定川侯李占春、靖南侯于大海因義父曾英於1647年初在重慶被南撤的大西軍擊殺，堅決拒絕會盟。劉文秀派部將盧明臣領兵進攻，占春、大海大敗，七月間帶領馬步士卒三萬余名和家屬乘船逃往湖北向清方投降。途中遭到參与會盟的夔東抗清武裝的攔擊，十月十一日才進入湖北清方管轄區。清荊州總兵鄭四維安置李、於二部于松滋縣百里洲，由於未給糧餉，李占春於十四日夜間拋棄妻子部眾，入山當了一段時間和尚，後來又在清朝招徠下出任過安陸副將、黃州總兵等職。此外，據守萬縣一帶的譚文、譚詣、譚宏，夔東（長江三峽兩岸川鄂接境地區）的王光興、王友進、劉體純、塔天寶等都「扼險自守，差人申好」。這樣，劉文秀的出兵四川基本上達到了預期目的，割據自雄的大小軍閥被消滅或收編，同以大順軍余部為主體的夔東抗清武裝建立了聯繫，把四川大部分地區經營成了比較穩定的抗清基地。時人楊鴻基對大西軍入川有一段概括性的敘述：