1661年（順治十八年）二月初三日中午，鄭成功率領首批軍隊乘船出料羅灣，次日過午到達澎湖。初六日，他親祭海岳，巡視附近島嶼，對隨行諸將說：「台灣若得，則此為門戶保障。」隨即留下陳廣、楊祖、林福、張在四將帶兵鎮守澎湖。初七日，下令曰：「本藩矢志恢復，念切中興。前者出師北討，恨尺土之未得，既而舳艫南還，恐孤島之難居，故冒波濤，欲辟不服之區，暫寄軍旅，養晦待時。非為貪戀海外，苟延安樂。自當竭誠禱告皇天，並達列祖，假我潮水，行我舟師。爾從征諸提、鎮、營將，勿以紅毛火炮為疑畏，當遙觀本藩鷁首所向，銜尾而進。」第二天，鄭成功在自己的座船上豎起帥旗，發炮三聲，金鼓震天，直航台灣。未刻，已抵鹿耳門。成功命何斌坐于鬥頭引導船隊繞過荷蘭炮台，強行登陸。在島上幾千名中國人的協助下，不到兩個小時已有數千名戰士踏上了台灣的土地。大批戰艦和船隻也駛抵熱蘭遮和普羅文查（即赤嵌城）之間的海灣。

鄭成功的復台計劃，經過周密的準備。除了修理戰船、備辦糧餉、器械以外，他在軍事上的部署值得特別注意。鄭成功的基本意圖是取台灣為復明基地，而不是撤往該地。所以，他必須考慮既能從荷蘭殖民者手中奪回台灣，又不能失去廈門、金門、南澳一帶近海島嶼。因此，他決定親自統率主力出征台灣，這支主力又分為首批和二批；在金門、廈門、南澳一帶留下了相當兵力：命忠勇侯陳霸防守南澳，警惕清廣東軍閥蘇利、許龍乘虛而入；派郭義、蔡祿二鎮前往銅山（今東山）會同原鎮該地的忠匡伯張進守御該島，必要時策應守南澳的陳霸部；留戶官鄭泰（成功宗兄）和參軍蔡協吉守金門；洪天祐、楊富、楊來嘉、何義、陳輝守南日、圍頭、湄州一帶，連接金門，以防北面來犯之敵；由世子鄭經守廈門，輔以洪旭、黃廷、王秀奇、林習山、杜輝、林順、蕭泗、鄭擎柱、鄧會、薛聯桂、陳永華、葉亨、柯平，與洪旭之子洪磊、馮澄世之子馮錫范、陳永華之侄陳繩武三人調度各島防守事宜。

鄭成功洞察殖民者的陰謀，堅持荷蘭人必須全部撤出台灣。他對使者義正辭嚴地說：「該島一向是屬於中國的。在中國人不需要時，可以允許荷蘭人暫時借居；現在中國人需要這塊土地，來自遠方的荷蘭客人，自應把它歸還原主，這是理所當然的事。」「兩使者狼狽而歸」。在揆一領導下的荷軍固守熱蘭遮待援。

完成對荷蘭兩座城堡的包圍之後，鄭成功決定先攻台灣本島上的普羅文查堡（赤嵌城）。初十月，他命令士卒每人持草一束，堆置城下，派通事向荷軍守將描難實叮發出最後通牒，如果再不投降就點火焚城。描難實叮向熱蘭遮求救無援，被迫投降。《被忽視的福摩薩》記載，五月四日，「司令官獻出了普羅文查要塞以及一切軍用物資，他本人及所有士兵都成了戰俘」。這樣，荷蘭殖民者在整個台灣地區的據點只剩下近海沙洲上孤零零的一座熱蘭通城堡。即如荷方記載，「大員（熱蘭遮城所在沙洲）只是一塊荒漠的沙洲，寸草不生，四面環海，不能跨出一步。他們也沒有足夠的人力或其他方法打擊敵人。惟一的希望是守住熱蘭遮城堡，等待從巴達維亞得到有力的援助」。

留守廈門等島嶼的鄭經在處理銅山謀叛事件上優柔寡斷。五月間既已獲悉蔡祿、郭義有異謀，卻沒有及時派兵前往防範。六月初三日接到蔡、郭二人公開叛變后才實施戒嚴，準備船隻。初九日得知張進被迫自焚時才由廈門派黃廷、杜輝、黃元、翁天祐、何義、黃昌、楊來嘉等統軍乘船南下銅山平叛，鎮守南澳的陳霸（即陳豹）也率領舟師前來銅山會剿。蔡祿、郭義直到十九日才糾眾把銅山搶掠一空后，在清黃梧、福建右路總兵王進忠、詔安副將劉進忠接應下由八尺門渡至大陸向清方投降。黃廷、陳霸等在銅山rｅaｄ.9９cｓw.ｃｏｍ登岸已為時過晚，只好派兵防守炮台，安撫遺民，向鄭經報告善後情形。鄭經命洪天祐、黃元留守該地，黃廷等回廈門，陳霸仍守南澳。

當16世紀到17世紀西歐殖民者侵入美洲、非洲、東南亞，把大片土著居民世代居住的土地變成自己的殖民地的時候，卻在中國被碰得頭破血出，舉著降旗灰溜溜地離開。究其原因固然同下面兩點有關：一，中國當時在科學技術和軍事、經濟實力上同西方國家差距不大；二，在當時的交通條件下，西歐殖民者到中國近海地區作戰必然面臨兵員、裝備、糧食等後方補給的困難。但是，鄭成功個人的作用是不能低估的。他不僅是當時中國人中能夠正視世界的佼佼者，又擁有實現自己的理想所必需的力量。在需要為民族的尊嚴和國家的利益而戰鬥的時候，鄭成功和他的將士無所畏懼，懂得如何利用自己的優勢彌補自己的劣勢，從而奪取勝利。鄭成功在驅逐荷蘭殖民者的鬥爭中表現的大智大勇，為維護祖國神聖的領土作出的貢獻，將永遠光照史冊。

五月，鄭成功的第二批軍隊黃安、劉俊、陳瑞、胡靖、顏望忠、陳璋六鎮乘船二十艘到達台灣，軍事力量進一步增強了。鄭成功即著手建立在台灣的行政機構，把赤嵌改名為承天府，任命楊朝棟為府尹，府下設天興、萬年二縣，以庄文烈、祝敬分任知縣。這時大軍初至台灣，地方尚待開拓，軍心未定，所用糧餉、軍械仍須由金、廈運送。世子鄭經派兵部都事楊榮押送補給物資時，報告守銅山（東山）的蔡祿、郭義二將暗中勾結叛將黃梧，密謀降清。鄭成功惟恐後方不穩，命楊榮回廈門向洪旭傳達密諭，叫他轉令蔡、郭二將立即率部來台，如果二人拖延觀望即證明確有異圖，授權洪旭當機立斷，處死二將。洪旭奉諭派人往銅山傳達鄭成功的調兵命令。蔡祿、郭義既同黃梧有勾結，接到率部渡海赴台的命令，自知陰謀敗露，於是狗急跳牆，決定立即發動叛亂。銅山主要守將忠匡伯張進是忠於復明事業的，蔡祿、郭義為了把銅山獻給清朝，企圖脅迫他一道降清。他們謊稱廣東許龍兵到，調兵分據四門。張進得知二將謀反，攜印從後門逃出，被叛將追及。張進無奈，只好假裝表示願意同蔡祿、郭義歸清；暗中卻同部將呂簇商議對策，呂簇建議派人急往廈門向世子鄭經請援。張進知道叛軍已控制全島，使者無法通過，決定在自己的卧室內密置火藥數十桶，邀請蔡、郭二人前來議事，待二人到後點燃火藥，同歸於盡。這樣，逆首既除，呂簇可以乘機請鄭經急派兵將收拾局面。定計后，即由呂簇通知蔡祿、郭義，說張進有機密事相商，因身體不適，請二人前來議事。不料，二人懷疑其中有詐，拒不入內。張進見計不行，嘆息道：「計不成矣，天也。吾盡吾心而已。」他命呂簇和隨從避出，自己點燃火藥，轟然一聲，壯烈捐軀。

很明顯，張煌言對鄭成功的決策復台是不贊成的，信中處處流露出對鄭成功的失望，認為復台的目的是脫離抗清前線，僅從鄭氏一家私利考慮取遠離大陸的台灣為安身立命之所，是無意復明的表現。這表明張煌言和鄭成功兩人的著眼點有很大的差異。張煌言是在儒家學說熏陶下成長的仁人志士，具有鞠躬盡瘁，死而後已的精神，缺點是眼界狹窄。他在信中說的清順治帝去世，主少國疑，實行遷海政策等給復明勢力提供了有利時機，雖有一定道理；但從全局來看，清廷已經比較牢固的穩定了在大陸的統治，張煌言的立論未免過於樂觀。相形之下，鄭成功比他現實得多。鄭氏家族本是海上起家的，這種家族歷史背景使他視野開闊，台灣、澎湖沃野數千里當然包括在赤縣神州之內，為解決數十萬兵員和其他人士的糧食、物資供應，光靠金門、廈門、南澳等彈丸之地是絕對支持不下去的。清廷實行沿海遷界政策，鄭成功了解的情況決不亞於張煌言。這一政策並不意味著清朝把沿海約三十里的廣袤土地讓給鄭九*九*藏*書軍，任其屯田扼守；而是一種短視的封鎖政策，旨在切斷鄭軍從內地取得物資的通道。如果鄭軍登陸，清政府將憑藉陸戰的優勢驅逐其下海。鄭成功正是有見及此，不顧張煌言和部下多數將領的反對，毅然決定進軍復台。何況，張煌言寫這封信時正是荷蘭殖民當局即將投降之時，如果鄭成功採納了他的意見，就將功虧一簣，台灣的歷史走向很可能完全不同，鄭氏集團的抗清事業也必然更早失敗。這再一次證明分析各種人物在歷史上的作用是非常複雜的，即便像張煌言這樣出類拔萃的人物也不免在個別重大問題上作出錯誤的判斷。

鄭軍在海上、陸上初戰告捷，荷蘭人已失去了出擊的信心，躲在城堡里等待救兵。鄭軍「切斷了海陸交通，包圍了普羅文查要塞，切斷了它同熱蘭遮的聯絡，使各自陷於孤立。他們也完全控制了鄉村，禁止福摩薩人同被包圍的軍民有任何接觸，使他們不能幫助遭到攻擊的荷蘭人（按，此處福摩薩人指高山族同胞，但是高山族百姓決不會支持以掠奪為目的的荷蘭殖民者）。上述行動由於得到中國居民中二萬五千名壯丁的幫助，在三四小時內就完成了。那些驚慌絕望的福摩薩人也被迫向敵人屈服，同所有中國居民一樣，被利用來危害我方」。

援軍的溜走，使困在熱蘭遮堡中的荷軍「空喜歡了一場」。何況，「他們知道艦隊只載來七百名援軍，這不會使他們的處境比戰爭開始時更好」。時間的推移，使城堡內的荷軍精疲力竭，患病的人數增加，絕望的情緒漫延開來。十二月十六日（公曆），一批荷蘭守兵在軍曹拉迪斯（Hans Jur-gen Radis）帶領下出城向鄭軍投降。他們不僅講述了熱蘭遮城內的詳細情況，還提出了兩條建議，一條是「充分利用圍城內普遍存在的驚慌情緒和疲弱狀態，不僅要用封鎖，而且要用連續攻擊，來徹底疲憊敵人，使其完全絕望。這樣做既不費事，又不需要很長時間，因為城堡建築得很壞，經不起大炮猛轟兩個整天」。另一條建議是先攻佔熱蘭遮堡旁邊小山頭上的烏特利支圓堡，取得制高點。鄭成功欣然接受了這些建議，立即調集軍隊，配備了二十八門巨炮，開始攻堅戰役。公曆1662年1月25日，鄭軍攻佔烏特利支圓堡，荷蘭殖民者知道他們統治台灣的末日已經來臨。揆一同評議會的成員經過五六天的會議反覆權衡利弊之後，終於決定「趁早把城堡交與敵人，爭取優惠條件，是為上策」。在評議會一致同意下，揆一派出使者向鄭成功接洽投降事宜。2月1日雙方達成協議。投降協議書開頭說：「本條約經雙方訂定，並經雙方同意，一方為自1661年5月1日至1662年2月1日包圍福摩薩島熱蘭遮城堡的大明招討大將軍國姓殿下，另一方為代表荷蘭政府的熱蘭遮城堡長官弗里德里克·揆一及其評議會，本條約包括下列十八款。」第一款：「雙方停止一切敵對行動，從此不記前仇。」第二款最重要：「荷方應將熱蘭遮城堡、外堡、大炮、剩餘的軍用物資、商品、現金以及其他屬於公司的財產全部交與國姓殿下。」第六款：「經檢查后，荷蘭士兵得以在長官指揮下，揚旗、鳴炮、荷槍、擊鼓、列隊上船。」此外，允許荷蘭人攜帶私人錢財和航行往巴達維亞途中所需的各種生活用品；殖民當局的檔案可以運走；雙方交換俘虜。據揆一記載：「當這一投降條約由雙方按照手續簽了字，條約上的各項條件一一履行，一切彈藥、儲藏物資（指條約允許部分——引者）都運到船上之後，我方戰士便全副武裝，舉著旗幟列隊從城堡走出，把城堡交給國姓爺的軍隊，他們立即進入城堡，完全佔領該地。」一般學者認為雙方簽字的日期就是條約中所寫的1662年2月1日，荷蘭殖民當局及其士兵全部撤走的日期大約是2月10日。時人沈光文正在台灣，對鄭成功率領的中國軍隊光復台灣興奮不已，賦詩云：「鄭王忠勇義旗興，水陸雄師震海瀛。炮壘巍峨橫夕照，東溟夷丑寂無聲。」九九藏書

鄭成功軍在台灣基本站穩腳根后，於三月下旬（公曆五月一日）致信荷蘭殖民當局，要求熱蘭遮投降，荷蘭人可以攜帶全部財物乘船離開台灣。信的全文如下：

在進攻南京戰役失敗以後，鄭成功把目光轉向了台灣。1659年（順治十六年，永曆十三年）十二月，「議遣前提督黃廷、戶官鄭泰督率援剿前鎮（戴捷）、仁武鎮（康邦彥）往平台灣，安頓將領官兵家眷」。次年正月，達素統領清軍入閩，鄭成功為集中兵力迎戰，不得不暫時推遲這次軍事行動。擊敗達素調集的各路清軍之後，鄭成功加緊了復台的準備工作。1660年冬，他派出大批軍隊到廣東潮州沿海地區籌集糧食。次年正月，他在廈門傳令大修船隻，聽令出征。召集諸將舉行秘密會議，訓話道：「天未厭亂，閏位猶在，使我南都之勢，頓成瓦解之形。去年雖勝達虜（指達素軍）一陣，偽朝（指清朝）未必遽肯悔戰，則我之南北征馳，眷屬未免勞頓。前年何廷斌所進台灣一圖，田園萬頃，沃野千里，餉稅數十萬。造船制器，吾民鱗集，所優為者。近為紅夷佔據，城中夷伙不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克台灣，以為根本之地，安頓將領家眷，然後東征西討，無內顧之憂，並可生聚教訓也。」這是鄭成功正式提出收復台灣為根本的戰略計劃。參加會議的多數將領對於收取台灣安頓家眷心存疑慮，一個個面有難色。宣毅后鎮吳豪說自己曾經幾次到過台灣，那裡荷蘭人的「炮台利害，水路險惡」，「風水不可，水土多病」，不贊成出兵台灣。大將黃廷說：「台灣地方聞甚廣闊，實未曾到，不知情形。如吳豪所陳紅毛炮火，果有其名，況船大又無別路可達，若必由炮台前而進，此所謂以兵與敵也。」建威伯馬信發言道：「藩主所慮者，諸島難以久拒清朝，欲先固其根本，而後壯其枝葉，此乃終始萬全至計。信，北人也，委實不知。但以人事而論，蜀有高山峻岭，尚可攀藤而上，卷氈而下；吳有鐵纜橫江，尚可用火燒斷。紅毛雖桀黠，布置周密，豈無別計可破？今乘將士閑暇，不如統一旅前往探路，倘可進取，則并力而攻；如果利害，再作商量，亦未為晚。此信之管見也。」鄭成功聽后讚揚道：「此乃因時制宜，見機而動之論。」吳豪再次發言反對，各將領「議論不一」。參軍陳永華髮言：「凡事必先盡之人，而後聽之天。宣毅后鎮所言，是身經其地，細陳利害，乃守經之見，亦愛主也，未可為不是。如建威之論，大興舟師前去，審勢度時，乘虛覷便，此乃行權將略也。試行之以盡人力，悉在藩主裁之。」接著，協理五軍戎政楊朝棟發言支持鄭成功，認為恢台之舉可行。鄭成功非常高興，稱讚「朝棟之言，可破千古疑惑」，當即拍板決定興師復台。這次軍事會議的顯著特點是：鄭成功部下將領和兵員多是經濟比較發達的福建沿海州縣人，而當時台灣尚處於初期開發階段，吳豪的意見自然有一定的代表性。馬信是北方來歸將領，陳永華是文官，他們雖支持復台，不足以扭轉會議傾向。楊朝棟是鄭鴻逵舊將，他表態之後，鄭成功立即抓住時機，斷然作出決策，體現了他的領導藝術。興師驅荷，是中國近三百多年來在台灣問題上一個極其重要的決策，對台灣這塊自古以來中國的領土的發展前途影響至為深遠，出兵前這次軍事會議在史冊上是重要的一頁，多數閩籍將領的留戀鄉土，胸無遠志，正好襯託了鄭成功的目光遠大。九-九-藏-書

跟隨鄭成功收復台灣的將領和官員有馬信、周全斌、蕭拱宸、陳蟒、黃昭、林明、張志、朱堯、羅蘊章、陳澤、楊祥、薛進思、陳瑞、戴捷、黃昌、劉國軒、洪暄、陳廣、林福、張在、何祐、吳豪、蔡鳴雷、楊英、謝賢、李胤、李襲。1661年（順治十八年）誓師，參加誓師禮的有原兵部尚書唐顯悅、兵部侍郎王忠孝、浙江巡撫盧若騰、吏科給事中辜朝薦、右副都御史沈佺期等，此外還有明寧靖王朱術桂、魯王世子朱桓、瀘溪王、巴東王和留守文官武將。從參加餞行宴會的人來看，基本上包括了當時在金、廈地區的全部明朝頭面人物，也許其中一些人並不贊成鄭軍主力開赴台灣，公開反對的是兵部侍郎張煌言。張煌言認為台灣距大陸較遠，鄭成功以主力復台即便如願以償，卻離抗清前線遠了，這同他的急切興復明朝的主張是相左的。張煌言在《上延平王書》中毫不客氣地說：

鄭成功為人志大才雄，遇事獨斷於心，具有極其堅毅的性格。在決策收復台灣問題上又一次顯示了他的這種性格特徵。

當時，荷蘭在台灣的兵力只有一千多名，長官揆一和評議會率八百多名駐于沙洲上建立的熱蘭遮城堡，海面有以赫克托號為主的四條戰艦，在隔灣（當時稱大員灣）相對的台灣本島上的普羅文查堡有四百名兵員防守。此外，在雞籠（今基隆）、淡水有微不足道的一點兵力，後來都集中到熱蘭遮。鄭軍順利登陸后，驕橫的荷蘭殖民者企圖在海上和陸地同時發起進攻，一舉擊敗立腳未穩的鄭軍。他們以最大的赫克托號帶領三艘戰艦憑藉火炮等裝備的優勢首先向鄭軍艦船開炮。鄭軍派出了各裝兩門火炮的六十艘艦船迎戰。戰況非常激烈，發射炮彈的硝煙瀰漫，以致在稍遠的地方無法辨認雙方船隻。中國的戰艦在製造和裝備的火炮上雖稍遜於敵艦，但他們英勇奮戰，利用自己在數量上的優勢四面圍攻荷艦。突然，中國戰艦的大炮射中了赫克托號的彈藥倉，引起強烈爆炸，赫克托號連同所載士卒葬身海底。另一艘荷艦斯·格拉弗蘭號也被鄭軍火船引燃，倉皇逃離。海戰以荷方慘敗告終。陸上的戰鬥情況也差不多。荷方派貝德爾上尉（中方文獻寫作拔鬼仔）率領二百四十名精兵出擊。貝德爾對中國軍隊懷有西方殖民者特有的偏見，他認為中國人都是膽小如鼠，「只要放一陣排槍，打中其中幾個人，他們便會嚇得四散逃跑，全部瓦解」，「據荷蘭人估計，二十五個中國人合在一起還抵不上一個荷蘭兵。他們對整個中華民族都是這樣看法：不分農民和士兵，只要是中國人，沒有一個不是膽小而不耐久戰的，這已經成為我方戰士不可推翻的結論。……他們認為，國姓爺士兵只不過同可憐的韃靼人（指清軍）交過鋒，還沒有同荷蘭人較量過；一旦和荷蘭人交戰，他們便會被打得落花流水，把笑臉變成哭臉」。戰鬥在鄭軍登陸的一個名為水線尾的沙洲上展開。鄭成功派黃昭帶領五百名銃手攜連環熕二百門在正面列陣阻擊，楊祥率藤牌手五百名繞到敵之左翼側攻，肖振宸率領二十艘大船搖旗吶喊，作進攻熱蘭遮狀。貝德爾的軍隊同黃昭部接戰時，以十二人為一排，連放三排槍，出乎他們意料的是鄭軍並沒有一聽槍聲就失魂落魄地四散奔竄，而是沉著應戰，像一座鐵壁一樣阻擋著荷軍前進；楊祥部從旁夾擊，「箭如驟雨」，這些自命不凡的荷蘭官兵的「勇氣」「完全為恐懼所代替，許多人甚至還沒向敵人開火便把槍丟掉了。他們抱頭鼠竄，落荒而逃」。鄭軍乘勢全線出擊，「直到上尉及其部下一百十八人全部戰死」，剩下八十名見機行事的士兵涉過水深及頸的海面逃到船上返回熱蘭遮向他們的長官報告這場出擊的經過。htｔpｓ://reａｄ.9９cｓw•ｃoｍ

鄭成功統率主力部隊圍困熱蘭通城堡，在相當一段時間里沒有發動攻擊，意圖是等待固守堡內的荷軍彈盡糧絕，不戰自降。當時，鄭軍的糧食供應也相當困難，士卒甚至靠採集李子等果實充饑。鄭成功在台灣百姓（漢族和高山族）的支持下，派出部卒實行屯田和徵稅，在經營台灣的道路上邁出了重要的一步。據守熱蘭遮的荷軍在長官揆一領導下仍固守待援。八月十二日，荷蘭東印度公司從巴達維亞派遣以雅科布·考烏（Jacob Caeuw）為司令的救援艦隊到達熱蘭遮海域，揆一等堡內荷軍欣喜異常，以為可以內外配合擊退鄭軍。不料天公不作美，海上颶風突起，考烏帶領的荷艦被迫離港，遠泊海外達二十八日之久。在風平浪靜之後，考烏的艦隊也沒有再回到熱蘭遮來，這位司令找了個借口自行返回巴達維亞了。真正的原因是考烏帶的援軍兵力有限（荷方記載只有七百名士兵），他親眼看到了鄭軍的雄姿，斷定援救台灣已無濟於事了。

當天，荷蘭殖民者在台灣設立的評議會討論是否接受鄭成功所提條件。與會者知道熱蘭遮市區已被鄭軍收復，城堡成了孤注，守軍只有五百人，形勢極為不利，正如這次會上荷蘭人表述的：「他們的力量很強大，他們的中國臣民遍布全境，完全能夠切斷我們的糧食供應。」但是，與會者非常明白一旦投降，荷蘭東印度「公司就幾乎不可能再回到這個島嶼來」。經過一番緊張的商議后，評議會決定第二天派議員樊·伊伯倫和檢察長勒奧納·德·勒奧納杜斯為全權代表去同鄭成功談判，他們「婉轉地對其率領大軍前來表示不滿」，要求保留熱蘭遮炮台及其通往航道的入口和位於赤嵌的普羅文查堡，鄭軍則可以「不受阻礙地進入全島的其餘部分」。這實際上是一種緩兵之計，其意圖是在兵力不足的情況下迷惑鄭成功，先行保住在台的兩個重要軍事據點，等待荷占巴達維亞東印度公司的援軍，再重整旗鼓，霸佔台灣、澎湖。