收復台灣以後，鄭成功改台灣城為東都，開始了把台、澎經營為抗清基地的緊張活動。他親自帶領何斌、馬信、楊祥、肖拱宸等人巡視新港、目加溜灣、肖壟、麻豆、大目降、大武壠、他里霧、半線等地。「見其土地平坦膏沃」，適合屯田養兵。當時台灣地廣人稀，高山族同胞「計口而種，不貪盈餘」，土地利用率很低，便於移民墾荒。在視察過程中，各處高山族同胞列隊歡迎，更使他感到民風淳樸。他對高山族同胞「賜以煙、布，慰以好言」，嚴禁部卒侵犯他們的利益。視察歸來以後，鄭成功立即召集各提督、鎮將和參軍議事，在會上說：「大凡治家治國，以食為先。苟家無食，雖親如父子夫婦，亦難以和其家；苟國無食，雖有忠君愛國之士，亦難以治其國。今上托皇天重庇，下賴諸君之力，得有此土。然計食之者眾，作之者寡，倘餉一告匱，而師不宿飽，其欲興邦固國恐亦難矣。故昨日躬身踏勘，揆審情形，細觀土地，甚是膏腴。當效寓兵於農之法，庶可餉無匱，兵多糧足，然後靜觀釁隙而進取。」接著提出具體部署：「留勇衛、侍衛二旅以守安平鎮、承天二處。其餘諸鎮，按鎮分地，按地開荒。日以什一者瞭望，相連接應，輪流造更。是無閑丁，亦無逸民。插竹為社，斬茅為屋。圍生牛教之以犁，使野無曠土，而軍有餘糧。其火兵則無貼田，如正丁出伍，貼田補入可也。其鄉仍曰『社』，不必易；其畝亦曰『甲』，以便耕。一甲三十一戈二尺五寸，一戈東西南北四至長一丈二尺五寸。今歸版圖，亦以此為則，照三年開墾，然後定其上、中、下則，以立賦稅。但此三年內，收成者借十分之三，以供正用。農隙，則訓以武事；有警，則荷戈以戰；無警，則負耒以耕。寓兵於農之意如此。」在台各鎮當即遵命領兵前往指定地方開荒屯種。鄭成功還「首崇文廟，次葺祠宮。歲修禋祀，時奉壇祀」，加強文化建設。ｈｔｔps://ｒeａd.９９ｃｓw.ｃｏm

鄭成功心中鬱積的憂悶終於因為一件極小的事情像火山一樣爆發了。世子鄭經留鎮廈門，同四弟的奶媽陳氏通姦生了一個兒子，這類事情在豪門大家中並不罕見。開初，鄭經向父親報告侍妾生了個兒子，鄭成功因添孫高興，賞了一點銀物。不料，鄭經的妻子是原兵部尚書唐顯悅的孫女，雖「端莊靜正，而不相得」。唐顯悅為孫女鳴不平，寫信給鄭成功大加非難，內有「三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不聞飭責，反加賞賚。此治家不正，安能治國乎？」鄭成功正因復國無望積憤於心，唐顯悅只顧泄私忿危言聳聽，使成功「登時氣塞胸膛。立差都事黃毓持令箭並畫龍桶三、漆紅頭桶一，過金門與兄泰，同到廈門斬其妻董氏治家不嚴之罪，並其子經與其所生孫、乳母陳氏」。黃廷、洪旭、陳輝、王秀奇等守金、廈諸將接令后大為震驚，力圖大事化小，和鄭泰、黃毓商議，採取折衷辦法，殺陳氏與所生嬰兒，諸將聯名上啟代董夫人及鄭經請罪。取得董氏和鄭經同意后，即按此辦理，由黃毓回台復命。鄭成功堅持必須殺掉董夫人和鄭經，解下自己的佩劍讓黃毓到金門交鄭泰執行。鄭泰無奈，只好把黃毓送到廈門向鄭經說明事處兩難。鄭經立即把黃毓拘禁起來，和金、廈文武官員商議對策。正在這時，蔡鳴雷從台灣來搬家眷，鄭經等向他探問消息，蔡鳴雷因為在台灣有過失，怕受成功處罰，故意誇大其詞，說藩主發誓要除掉董夫人和鄭經，如果金、廈諸官拒不遵命就全部處斬，而且已有密諭給往南澳征陳豹的周全斌命他相機行事。金、廈文官武將一個個面面相覷，不知如何是好。洪旭說：「世子，子也，不可以拒父；請將，臣也，不可以拒君。惟泰是兄，兄可以拒弟。凡取糧餉諸物，自當應付，若欲加兵，勢必御之。」鄭泰同意后，即趁周全斌征南澳回廈門之機，將其拘捕，交援剿左鎮黃昌監守。同時給鄭成功送去諸將公啟，啟本中有「報恩有日，候闕無期」的話，明確地表達了金、廈諸將聯合拒命的意思。鄭成功閱信后，心中憤悶已極。五月初一日，他已感不適，仍每天登將台手持望遠鏡眺望澎湖方向有沒有船來。直到初八日，完全絕望，氣噎而死，享年三十八歲。九-九-藏-書

1661年（順治十八年）十月初三日，清廷見鄭成功毫無受撫之意，把拘禁中的鄭芝龍和他的兒子鄭世恩、鄭世蔭等全家十一口「照謀叛律族誅」。消息傳到台灣，鄭成功深感悲痛，儘管他對此早有思想準備，父親和無辜的弟弟、侄兒滿門抄斬畢竟不能無動於衷。九九藏書

從1662年四月到六月，永曆帝（朱由榔）及其太子、鄭成功、李定國相繼離開人世，標志著南明復興最後一線希望的徹底幻滅。在這以後，鄭經和堅持于夔東的抗清武裝雖然仍以永曆紀年，卻沒有多大號召力了。鄭經繼承父業為經營台灣作出了重大貢獻，儘管他一直以復明相標榜，但他的功業顯然不適合納入南明史的範疇。

1662年四月，林英從雲南逃回，報告了永曆帝在緬甸被清軍俘虜，西南抗清武裝只剩下李定國率領的殘部退往邊境地區的消息。這意味著東、西遙相呼應的局勢已告結束，清廷將集中力量對付鄭軍。鄭成功弄巧成拙，內心的悔恨可想而知。他的實力既不足以公開以隆武帝的繼承人同清廷逐鹿中原，只好繼續掛著沒有永曆帝的永曆招牌，僻處一隅。不少史籍把鄭成功說成是明朝的純臣，對他和他的繼承人存明朝「正朔」三十余年津津樂道。這種見解是比較膚淺的。對復明志士而言，永曆朝廷覆亡即已心灰意冷，極少數隨鄭成功赴台的官紳、宗藩不過藉此保住先世衣冠，幾乎沒有人把仍奉永曆年號的鄭氏集團作為復興明朝的希望。鄭成功一貫的思想是「東南之事我為政」，不奉近在咫尺的魯監國而遙奉永曆九_九_藏_書，並不是由於朱由榔在血統上近於帝室，而是欣賞「天高皇帝遠」，江日升《台灣外紀》記載鄭「經承父例，總兵以下皆自委任，如公、侯、伯及提督，必修表請封，然後出印諭」（二二一頁）。所謂「修表請封，然後出印諭」不過是一種形式，等於左手寫報告，右手批准，恩威自操，何等愉快。自然，鄭成功除了尊帝虛禮以外，也真心實意地希望永曆朝廷能夠存在下去，這樣既可以借朝廷名義吸引東南復明勢力的支持，又可以利用永曆朝廷支撐于西南牽制清軍相當一部分主力。一廂情願的如意算盤打得太精，結果事與願違，使自己陷於進退失據的尷尬局面。飲下自己釀造的苦汁，無疑是導致鄭成功晚年心理失去平衡、舉動乖張的重要原因之一。

為了促進開發，加固根本，鄭成功命令把將士和官員的家屬送來台灣。這本來是一件好事，鄭成功未免操之過急。在擊敗達素等統率進犯金、廈的清軍以後，大陸沿海島嶼的局勢比較穩定，收復台灣以後完全可以隨著墾荒、建屋等開發過程的進展，鼓勵將士和文官把家屬逐步遷來台灣。開闢階段，條件艱苦，對將士也應予以更多的關懷。鄭成功急於求成，立令過嚴，「犯者雖親信無赦」。大將馬信建議「立國之初，宜用寬典」。鄭成功卻堅持己見，回答道：「立國之初，法貴于嚴，庶不至流弊。俾后之守者，自易治耳。」應當承認，鄭成功面臨緊迫的糧餉問題，不得不嚴加督責，但在許多方面一意孤行，造成嚴重惡果。史料記載：「以各社田土分水陸諸提鎮，令各搬其家眷至東都居住，兵士俱令屯墾。初至，水土不服，瘴癘大作，病者十之七八，死者甚眾。加以用法嚴峻，果於誅殺；府尹楊朝棟以其用小斗散糧，殺其一家；又殺萬年縣祝敬，家屬發配。於是人心惶惶，諸將解體。」「正月，賜姓嚴諭搬眷，鄭泰、洪旭、黃旭等皆不欲行。於是，不發一船至台灣；而差船來吊監紀洪初辟等十人分管番社，皆留住不遣。海上信息隔絕。」楊朝棟、祝敬用小斗散糧未必是私克入己，很可能是存糧不足，即便罪有應得，也不該牽及家小。至於強令駐守大陸沿海島嶼將士把家屬送到台灣，則帶有人質性質，意在防止諸將士叛投清方。這同明太祖朱元璋留諸將家屬於京師、清廷命文武大員以子弟入宮為侍衛相似，是企圖以親屬的安危來維繫下級的忠貞，本不足取。何況，台灣那時的荒涼景況還難以同明初南京、清初北京相比。硬行推行這一措施，勢必在一部分將士（特別是鎮守金門、廈門、南澳等大陸沿海島嶼的將士）中引起抵觸。人心不平，訛言也隨之興起。有人流傳鎮守南澳的忠勇侯陳豹（即陳霸）因不願送家眷入台，已同清朝建藩于廣東的平南王尚可喜通款投降。鄭成功沒有弄清真相，就輕率地下手諭給鄭經和洪旭，令周全斌、杜輝、黃昌等帶領舟師去南澳平叛。陳豹無以自明，率部卒乘船往虎門向清方投降。九*九*藏*書